في الساعات الأخيرة من حياتها حان لها أن تکاشف زوجها بما أضمرته في صدرها ـ طيلة هذه المدّة ـ من الوصايا التي يجب تنفيذها

فقالت ( عليها السلام ) لعلي ( عليه السلام ) :  يا بن عمّ ، إنّه قد نُعيت إليَّ نفسي ، وإنّني لا أرى ما بي إلاّ أنّني لاحقة بأبي ساعة بعد ساعة ، وأنا أُوصيک بأشياء في قلبي

قال لها الإمام علي ( عليه السلام ) : ( أوصيني بما أحببت يا بنت رسول الله ) ، فجلس عند رأسها ، وأخرج من کان في البيت ، فقالت ( عليها السلام ) : ( يا بن عمّ ، ما عهدتني کاذبة ، ولا خائنة ، ولا خالفتک منذ عاشرتني ) ؟

فقال الإمام علي ( عليه السلام ) : ( معاذ الله أنتِ أعلم بالله ، وأبرّ وأتقى وأکرم ، وأشدّ خوفاً من الله من أن أُوبّخکِ بمخالفتي ، وقد عزّ عليَّ مفارقتکِ وفقدکِ إلاّ أنّه أمر لابد منه ، والله لقد جدّدتِ عليَّ مصيبة رسول الله ( صلى الله عليه وآله ) ، وقد عظمت وفاتک وفقدک ، فإنّا لله وإنّا إليه راجعون من مصيبة ما أفجعها ، وآلمها وأمضّها وأحزنها !! هذه مصيبة لا عزاء منها ، ورزية لا خلف لها

ثمّ بکيا جميعاً ساعة ، وأخذ الإمام ( عليه السلام ) رأسها وضمّها إلى صدره ، ثمّ قال :  أوصيني بما شئت ، فإنّکِ تجديني وفياً أمضي کلّما أمرتني به ، وأختار أمرکِ على أمري

فقالت ( عليها السلام ) :  جزاکَ الله عنّي خير الجزاء ، يا بن عمّ أُوصيک أوّلاً : أن تتزوّج بعدي بابنة أختي امامة ، فإنّها تکون لولدي مثلي ، فإنّ الرجال لابدّ لهم من النساء

ثمّ قالت ( عليها السلام ) : ( أُوصيک أن لا يشهد أحد جنازتي من هؤلاء الذين ظلموني ، فإنّهم عدوّي وعدوّ رسول الله ( صلى الله عليه وآله ) ، ولا تترک أن يصلّي عليَّ أحد منهم ولا من أتباعهم ، وادفني في الليل إذا هدأت العيون ونامت الأبصار

ثمّ قالت ( عليها السلام ) : ( يا بن العمّ ، إذا قضيت نحبي فاغسلني ولا تکشف عنّي ، فإنّي طاهرة مطهّرة ، وحنّطني بفاضل حنوط أبي رسول الله ( صلى الله عليه وآله ) ، وصَلِّ عليَّ ، وليصلِّ معک الأَدنى فالأَدنى من أهل بيتي ، وادفني ليلاً لا نهاراً ، وسرّاً لا جهاراً ، وعفَّ موضع قبري ، ولا تشهد جنازتي أحداً ممّن ظلمني

وروى ابن عباس وصية مکتوبة لها ( عليها السلام ) جاء فيها : ( هذا ما أوصت به فاطمة بنت رسول الله ( صلى الله عليه وآله ) ، أوصت وهي تشهد أن لا إله إلاّ الله ، وأنّ محمّداً عبده ورسوله ، وأَنّ الجنّة حقّ ، والنار حقّ ، وأنّ الساعة آتية لا ريب فيها ، وأَنّ الله يبعث من في القبور .يا علي أنا فاطمة بنت محمّد ، زوّجني الله منک لأکون لک في الدنيا والآخرة ، أنت أولى بي من غيري ، حنّطني 
 وغسّلني وکفّني بالليل ، وصلِّ عليَّ وادفني بالليل ، ولا تُعلم أحداً ، وأستودعک الله ، وأقرأ على ولديّ السلام إلى يوم القيامة